Suwalszczyznę przez wiele wieków charakteryzowały ogromne puszcze i niski stopień ucywilizowania. Wyspę wigierską - wzniesienie otoczone wodami jeziora z racji obronnego położenia zamieszkiwały plemiona bałtyjskach Jaćwingów, rozbite w II połowie XIII w przez Krzyżaków. Już w XI wieku tereny obecnej diecezji ełckiej objął swym misjonarskim posłannictwem św. Brunon z Kerfurtu (+1009). Zapoczątkował on starania o wprowadzenie na tym terenie administracji kościelnej. Jak wiadomo, udało się zrealizować to przedsięwzięcie wraz z nadaniem zakonowi kamedułów wyspy Wigry. Konsekwentna i owocna działalność zakonników odcisnęła piętno na pojaćwieskich rubieżach na kolejne wieki.
W 1992 roku papież Jan Paweł II zrealizował w pełni pierwotną myśl Kościoła, ustanawiając bullą „Totus tuus” diecezję ełcką w obrębie dawnych ziem jaćwieskich.
W 1999 r. młoda diecezja ełcka, a w szczególności Wigry, miały zaszczyt gościć od 8 do 10 czerwca tego największego z Rodu Polaków ? Papieża Jana Pawła II. Z pewnością nie wylądowałby 8 czerwca o godz. 14.25 na półwyspie wigierskim papieski śmigłowiec, gdyby nie obecność tu Zakonu Kamedułów z ich pięknym świadectwem życia, modlitwy i pracy.
Na ponad dwa wieki przed przybyciem Kamedułów na Wigry Król Władysław Jagiełło miał natknąć się tutaj podczas łowów na pustelnię. Pustelnia ta pozostała jednak mało znaną aż do wieku XVII (z przekazów historycznych wynika, iż w 1559 roku istniał tu królewski dwór myśliwski). Widomość o pustelni dotarła do Krakowa. Stamtąd dowiedzieli się niej Kameduli. Przybyli do Polski (1603), zwiedzili pustelnię i za zgodą króla osiedlili się w tym miejscu - w 1668 roku. Tak pisał król o przyjeździe Kamedułów: Doniósł Nam Wielebny Ociec Wilga przełożony Oycow Camedułow Wigerskich iż na Introduktię onych Sam Wielebny w Bogu ksiądz Biskup Wileński zajechać ofiarował się, z czego wielece contenci jesteśmy. Erem Wyspy Wigierskiej (Eremus Insulae Vigrensis ) tak został określony klasztor kamedulski w przywileju z dnia 6 stycznia 1667r. Dokument ten jeszcze w tym samym roku zatwierdził Sejm i Biskup Wileński Aleksander Sapieha, a w następnych latach kolejni władcy (po uratowaniu Europy przez Króla Jana III Sobieskiego pod Wiedniem na wieżach wigierskiego kościoła pojawiły się krzyże na półksiężycach).
Nie zrozumiemy fundacji wigierskiej bez ówczesnej sytuacji w Królestwie. Fundacja klasztoru była jakby dopełnieniem ślubów króla Jana Kazimierza z 1656 roku.
Król Jan Kazimierz po załamaniu się szwedzkiego potopu pod Jasną Górą i po powrocie z wygnania, 1 kwietnia 1656 r. przed ołtarzem Matki Bożej Łaskawej we Lwowie, w obecności ludu i nuncjusza papieskiego urzędowo czyni Maryję Królową Korony Polskiej (tekst Ślubów Lwowskich). W zamian za uratowanie Polski przed potopem szwedzkim ślubuje przeprowadzić wiele koniecznych reform w Ojczyźnie. Król świadom był trudności - tylko niewielką część ślubów realizuje (do tych nie zrealizowanych ślubów króla będzie odwoływał się później Prymas Tysiąclecia i Jan Paweł II w Ślubach Jasnogórskich). Król Jan Kazimierz, fundując klasztor w Wigrach, określił jasno jego cel: uprosić Boga przez modły pobożnych mężów, ażeby raczył odwrócić ciągłe klęski, jakimi Polska za panowania króla była nawiedzana. Ekonomicznym zabezpieczeniem fundacji klasztornej był przydzielony majątek. Niełatwo było zrealizować to zadanie. Trzeba było wybudować w trudnym terenie, a potem utrzymać, wigierski klasztor, który od 1685 roku zyskał miano przeoratu.
Tak pisał o Wigrach w 1859r. Rządowy Komisarz Leśny, absolwent Instytutu Leśnego w Petersburgu - A. Połujański:
Praca i rządność zakonników w puszczy osiadłych, oraz ich pobożność, wkrótce stały się głośnemi nie tylko na Litwie ale i w Polsce; to też ofiary dla Boga lud pobożny zewsząd znosił do rąk tych braci, przez co Kameduli wkrótce doszli do takiej zamożności, że już marzyć mogli o rozszerzeniu swéj osady. Lecz Bóg inaczej zrządził, albowiem wszczęła się na Litwie epidemja, ludzie przerażeni klęską z choroby i głodu umierali, a w Wigrach zrządzeniem Boskiem kościół i klasztor zgorzały. To nieszczęście dodało Kamedułom odwagi udać się po wsparcie do tronu króla Jana Kazimierza, który mając wiadomość, że ci zakonnicy w czasie epidemji nieśli pomoc ludowi w żywności, posyłając ją na łódkach jeziorem w te strony, na które wiatr od Wigier dowiewał, wiedząc przytem o ich rządności i pobożności, przywilejem z dnia 6 stycznia 1667 roku potwierdził nadanie im wyspy Wigry z jeziorem ją oblewającem, oraz dodał jeszcze z dawnej puszczy Uhoł, do leśnictw przełomskiego i perstuńskiego wcielonej, dwa zajmiska z kwaterami do nich należącemi, dozwolił także urządzić w lasach królewskich na dochód klasztoru trzy budy potażowe.(?) Kiedy już fundusze dozwalały przystąpić do zamierzonej budowy, Kameduli sprowadzili biegłych cieśli i innych rzemieślników z Włoch, Anglji i Prus. Ale że ci mistrze wymagali za swą pracę sowitego wynagrodzenia, połączonego ze znacznem nadwerężeniem funduszów klasztornych, chcąc tedy zaradzić tej niedogodności, Kameduli skłonili miejscowych chłopaków Litwinów i Polaków do nauki przy każdym rzemieślniku cudzoziemcu i tym sposobem po upływie lat kilku zdobyli się na własnych doskonałych budowniczych, cieśli, malarzy, snycerzy, mularzy, zegarmistrzów, kowali, stelmachów, stolarzy, tkaczy i innego rodzaju rzemieślników. Z tymi kunsztmistrzami łatwo już było dokonać zamierzone dzieło.(?) Po usypaniu i uregulowaniu całej wyspy na sposób dawnych litewskich pile, pozostawiono dawny kształt powierzchni z pięciu gór złożonej i opasano całą tę warownię wysokim na kilka sążni i grubym murem; w podstawie zaś wyspy, aby wody jeziora nasypki nie podmywaly, zbudowano z cegły długotrwałej mnóstwo sklepów czyli piwnic, z których każda miała swe oddzielne przeznaczenie i nazwisko, jako to: sklep winny, gościnny, miodowy, piwny, warzywny i t. p. Nad temi sklepami wzniesiono w linję rozmaite zabudowania gospodarskie, nazwiskiem właściwem i numerami opatrzone, jako to: refektarz czyli izbę jadalną, kuchnię, piekarnię, malarnię, stolarnię i t. p. Gdy już ukończono te oficyny, zajęto się zbudowaniem eremu czyli pustelni, która się składała z dziesięciu domków, w dwóch linjach równoległych wystawionych; w każdym z tych domków była kapliczka gustownie urządzona, którą zdobił piękny ołtarzyk Zbawiciela z kości słoniowej rzeźbiony, oraz obrazy olejne śś. pustelników. Przed każdą taką celą był śliczny ogródek murem opasany, w którym nie brakło drzew owocowych oraz krzewów bzowych i jaśminowych. W końcu eremu od wschodu, to jest, od wjazdu do wyspy, wznosiła się wysoka wieża z muru, w której urządzony zegar ogłaszał godziny, przeszło o milę słyszane.(?) Tak wszystko pięknie urządziwszy, Kameduli chwalili Boga, dziękowali Mu za Jego laski przez ludzi doświadczone, a z zebranych ofiar chętnie wydzielali biedniejszym od siebie żywność i odzienie. Sława przeto pobożności i rządności tych pustelników, oraz dążności ich do rozszerzenia między ludem zamiłowania do pracy, coraz głośniejszą się stawała, tak, że nie tylko do każdej wsi kmiotków, ale i do pałaców pańskich dochodziła. Porządek wzorowy w klasztorze, oraz spokój podobały się magnatom, i niektórzy z nich wysłużywszy się krajowi, pragnęli tu pod opieką Kamedułów życie doczesne skończyć, aby się lepiej przygotować do żywota wiecznego. Toteż dla takich, w niewielkiej odległości od kościoła, Kameduli wystawili domek murowany, składający się z izby mieszkalnej, alkierza sypialnego i kaplicy. Domek ten w ostatnich czasach pobytu Kamedułów w Wigrach, nosił miano Kaplicy kanclerskiej, dlatego, że zajmowany był przez jakiegoś kanclerza. Codziennie kapłan odprawiał w kapliczce przed ołtarzem św. Jana mszę, której kanclerz słuchał klęcząc przy ławeczce dlań urządzonej w kapliczce, lub jeśli był słaby, w izbie przedzielonej ścianą od kapliczki, do której drzwi z izby były i otwarte. Jedzenie kanclerz miał od księży Kamedułów, do posług przeznaczony był starzec, lekarz zaś klasztorny miał obowiązek codziennie odwiedzać tego pustelnika i o zdrowiu jego zdawać raport przełożonemu klasztoru. Przy takich stosunkach z magnatami, Kamedułom nie trudno było otrzymać od nich rozmaite hojne zapisy i darowizny dla klasztoru.
Przy staraniu o zaopatrzenie potrzeb doczesnych, Kameduli słowem i przykładem wywierali wpływ zbawienny na moralność ludu i mając pod swą duchowną opieką całą ludności dóbr klasztornych, przy pomocy swego kapelana w Magdalenowie, który prezentował proboszcza, wszystkie obrządki religijne w parafii spełniali.
W 1715 r. Kameduli założyli miasto Suwałki. Zakładali też wsie i folwarki, budowali drogi. Pod koniec ich pobytu liczba ludności w dobrach kamedulskich wynosiła ok. 9 tys. mieszkańców. Dzięki otrzymywanym dochodom mogli pomagać także innym klasztorom oraz utrzymywać szkołę w Suwałkach. Nie trudno zauważyć, iż przywieźli oni na ziemie Suwalszczyzny cywilizację. Rozwijali tu miłość do Ojczyzny. Spełniając rolę urzędu publicznego, byli przedstawicielami króla. Nie podobało się to wrogom Polski. Także niektórzy Polacy, nie rozumiejąc Bożych spraw, zazdrosnym okiem spoglądali na to, czego dokonali zakonnicy w białych habitach. W klasztorze wigierskim obowiązywała zasada św. Benedykta ora et labora - jedni bardziej poświęcali się modlitwie (ojcowie), drudzy bardziej pracy (bracia konwersi). Z owoców tej modlitwy i pracy my dziś możemy korzystać w Wigrach. Trzeba zauważyć, iż Reguła nakazywała zakonnikom przede wszystkim modlitwę i surowy tryb życia. Ich modlitwa niewątpliwie upraszała Boże błogosławieństwo także dla klasztoru. Oprócz osobistej modlitwy Kameduli, zgodnie ze swoją Regułą, zbierali się na modlitwy wspólne siedem razy dziennie, a także o 3.30 w nocy.
W pokoju kameduły znajdowały się bardzo skromne sprzęty, bowiem obowiązywała surowa reguła założyciela św. Romualda. Z perspektywy kamedulskiego siennika wypchanego słomą i szorstkiego koca (zabronione było używanie prześcieradła, wełnianych lub pierzastych materaców i poduszek oraz więcej niż dwóch przykryć) najlepiej widać ich bogactwo ducha.
Wybór przez Kamedułów tytułu Niepokalanego Poczęcia NMP dla budowanego kościoła (1694-1745) nie wydaje się być przypadkowym. Świadczy on o wyjątkowej miłości do Matki Bożej i o doskonałym wyczuciu owego sentire cum Ecclesia.
Dogmat o Niepokalanym Poczęciu NMP został bowiem ogłoszony przez Kościół dopiero 8 grudnia 1854 roku. W dużej mierze to w tajemnicy Niepokalanego Poczęcia może kryć się klucz powodzenia wigierskiego przedsięwzięcia.
Tę prawdę odkryje później św. Maksymilian Kolbe, a także Jan Paweł II.
Prawdziwą miarą ofiary nie jest to, co się ofiarowuje, ale to ile zostawia się sobie. Srebra kościelne z kościołów w swoich dobrach Kameduli przekazali w 1794 r. na pomoc Powstaniu Kościuszkowskiemu. Wspierali też powstańców zaopatrzeniem.
Kameduła O. Stanisław Felkier przez 3 lata przebywał w twierdzy głogowskiej, do której został zesłany przez zaborcę. Po III rozbiorze Polski, w 1796 roku władze zaborczych Prus skonfiskowały dobra Kamedułów Wigierskich, a w 1800 r. usunięto ich z Wigier. Zaborca szybko pozbył się niewygodnych zakonników, którzy dniem i nocą modlili się w intencji Ojczyzny. Władca pruski zagarnął przy tym cały majątek klasztorny.
Papieską bullą „Seape factum est” z 16.03.1799 zostaje erygowana tu kanonicznie diecezja wigierska z jej pierwszym biskupem Michałem Karpowiczem (jego grób znajduje się w kryptach wigierskiej świątyni). Po zajęciu dóbr klasztornych przez zaborcę nie było już środków na utrzymanie. Klasztor wigierski zaczął podupadać zabrakło pieczołowitych gospodarzy. W 1818 roku papież Pius VII zniósł diecezję wigierską, a w jej miejsce utworzył diecezję augustowską czyli sejneńską w Sejnach (30.06.1818).
Kolejny Papież Leon XII bullą „Sedium episcopalium translationes” (7.07.1821) przeniósł stolicę biskupią z Sejn do Suwałk, a kościół św. Aleksandra wyniósł do godności katedry biskupiej (bulla papieska nie została jednak wykonana). Kościół w Wigrach, będący dotąd katedralnym, przejęła parafia. Czas robił swoje. Proboszcz wigierski ks. F. Naruszewicz alarmował eremy niszczały, zawaliła się wieża zegarowa, rząd sprzedał blachę z kościoła augustowskim Żydom; balustrady marmurowe, figury i zegar przywieziono do Suwałk.
W XIX w. próbowano jeszcze ratować świątynię, ale bezskutecznie. Wiele z pięknych sprzętów kościoła zabrano. Odważono się użyć niektórych dla celów osobistych, co zapisał ks. Naruszewicz w słowach: Co święte ręce z kosztem zbierały, to to łakome gwałtem zabrały. W kolejnych latach następowała coraz większa dewastacja obiektu. Klasztor pełnił i rolę szpitala zakaźnego i obozu jenieckiego. Duże zniszczenia poczyniły wojska niemieckie podczas I wojny światowej. W 1915 r. w wyniku ostrzału artyleryjskiego poważnemu uszkodzeniu uległ kościół, dom Furtiana oraz refektarz. Ponadto żołnierze niemieccy niszczyli pomieszczenia granatami ręcznymi.
W okresie II Rzeczypospolitej rozpoczęła się na odbudowa. W 1933 roku odprawiono pierwsze nabożeństwo.
Na kapitule generalnej Zakonu Kamedułów w Rzymie wszyscy opowiedzieli się za przywróceniem eremu wigierskiego i powrotem zakonników. Główną przeszkodą okazał się jednak brak środków materialnych na utrzymanie klasztoru, nie było już majątku klasztornego, nie mogli przejąć też wigierskiej parafii - reguła zabrania prowadzić duszpasterstwo. Kolejny trudny czas dla klasztoru to II Wojna światowa. Na plebanii mieści się posterunek niemieckiej żandarmerii. Prowadzone są działania wojenne, które maja wpływ na kolejne zniszczenia klasztoru. W 1944 roku, według relacji mieszkańców, ciężka artyleria radziecka strzelała do pustego klasztoru, twierdząc, że teraz to nawet Bóg się stąd wyniesie (skutki zniszczeń widoczne są na zdjęciach z 1946 roku).
Mimo tak burzliwej historii klasztor jednak nie przestał istnieć.
Po wojnie władze PRL ociągały się z odbudową zespołu klasztornego, z którego Bóg miał się wynieść. Do 1973 roku, dzięki ofiarności i pracy parafian oraz przyznanym przez rząd PRL środkom z podatków polskich obywateli, udało się podźwignąć tylko niewielką część obiektu, w tym kościół.
Od 1973 rozpoczyna się nowy rozdział w historii klasztoru. Ministerstwo Kultury i Sztuki zwróciło się do Kościoła z prośbą o wydzierżawienie pokamedulskiego kompleksu na 50 lat. Ministerstwo (Skarb Państwa) zobowiązało się w drodze umowy na poczet czynszu dzierżawnego zaliczyć nakłady poniesione w związku z odbudową i remontami klasztoru, co zostało ujęte w § 6 umowy następująco: 2. Na poczet opłaty (ust.1) zostają zaliczone nakłady dokonane przez Skarb Państwa na remont i odbudowę budynków i urządzeń położonych na nieruchomościach w Wigrach zarówno na terenie oddanym w użytkowanie jak i poza tym terenem, a ponadto zaliczone będą i dalsze wydatki ponoszone przez Skarb Państwa związane z naprawami i nakładami nie będącymi w związku ze zwykłym korzystaniem z nieruchomości w § 1.
Obiekt tej miary co klasztor wigierski, umiejscowiony w dość specyficznym klimacie, zawsze wymagał i wymaga ogromnych środków finansowych na swoje utrzymanie.
Z powodu braku tych środków w przeszłości nie było możliwe doprowadzenie go do dawnej świetności. Tylko pierwotnym właścicielom, OO. Kamedułom, udało się w takim stanie utrzymywać obiekt. Trzeba zauważyć, iż Reguła nakazywała zakonnikom przede wszystkim modlitwę i surowy tryb życia.
Dzierżawca, Ministerstwo Kultury i Sztuki zważywszy na koszty jakie trzeba zabezpieczać w budżecie każdego roku na utrzymanie tego kompleksu, jeszcze przed wygaśnięciem wspomnianej umowy zawartej w 1973 r., zwróciło się z prośbą w 1991 r. o wcześniejsze jej rozwiązanie (Minister Kultury i Sztuki M. Rostworowski, pismo z dnia 26.09.1991r.). Kolejna próba wycofania się z dzierżawy zawarta jest w liście Ministra W. Dąbrowskiego z dnia 27.09.2005 r. Ostatecznie pismem z dnia 9 grudnia 2010 r. Minister B. Zdrojewski jednostronnie wypowiedział dzierżawę klasztoru wigierskiego skracając ją o 12 lat. W odpowiedzi na to Biskup Ełcki, Biskup Jerzy Mazur w Uroczystość Niepokalanego Poczęcia NMP, dnia 8 grudnia 2010 r. powołał Wigierski Areopag Nowej Ewangelizacji (WANE), który mieścić się będzie na terenie klasztoru wigierskiego. WANE rozpoczyna swoją działalność w Uroczystość Bożego Miłosierdzia, w dniu beatyfikacji Jana Pawła II, dnia 1 maja 2011 r. Dnia 10 września 2015 r. została zarejestrowana Fundacja WIGRY PRO, która przejęła troskę o wigierski klasztor zwłaszcza o jego stan techniczny.
Przyszłość klasztoru jest w ręku Boga. Wydaje się, iż wzorem OO. Kamedułów zawierzenie Bogu i kult Niepokalanego Poczęcia w tym miejscu każe patrzeć z nadzieją w przyszłość, mimo rozpowszechnianej w przeszłości jak i obecnie fałszywych informacji.
Wigry ubogacone zostały obecnością świetego Jana Pawła II, także jego modlitwą w tym miejscu. Dla diecezji ełckiej jest to wielki dar i ogromne wyzwanie, które pragnie podjąć w duchu wierności papieskiemu i kamedulskiemu "Pragnieniem naszym jest - mówił w wigierskiej świątyni Biskup Ełcki Jerzy Mazur - aby Wigry stały się areopagiem nowej ewangelizacji w północno-wschodniej części Polski. Aby promieniowały na cały ten rejon, na naszą Ojczyznę, kraje sąsiednie i Europę".